| 2023年09月29日 | 共同利用・共同研究システム形成事業~学際領域展開ハブ形成プログラム~(分子・生命・生理科学が融合した次世代新分野創成のためのスピン生命フロンティアハブの創設) | 64,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年08月07日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「次世代型メダカバイオリソース整備とその拠点形成」 | 440,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年08月07日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「ライフサイエンス研究用ニホンザルの飼育・繁殖・提供」 | 5,500,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年08月07日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「ゲノム情報に基づいたアサガオリソースの収集・保存・提供」 | 544,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年04月12日 | 令和5年度先進的核融合研究開発費補助金(一般会計、単年度分) | 50,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年02月17日 | (明大寺他)ライフライン再生(給排水設備) | 0円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年02月17日 | (ハワイ山麓)ライフライン再生(空調設備) | 0円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年02月17日 | (沖縄県石垣2)災害復旧事業 | 0円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年02月17日 | (明大寺)ライフライン再生(給排水設備) | 0円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年01月13日 | 大型光学赤外線望遠鏡「すばる」の共同利用研究 | 451,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年01月13日 | 大型電波望遠鏡「アルマ」による国際共同利用研究の推進 | 184,527,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年09月30日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「次世代型メダカバイオリソース整備とその拠点形成」 | 4,510,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年06月09日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「ライフサイエンス研究用ニホンザルの飼育・繁殖・提供」 | 81,220,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年06月09日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「ゼブラフィッシュの収集・保存および提供」 | 1,887,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年06月09日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「ゲノム情報に基づいたアサガオリソースの収集・保存・提供」 | 2,700,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年06月09日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「次世代型メダカバイオリソース整備とその拠点形成」 | 25,560,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年04月05日 | 令和4年度先進的核融合研究開発費補助金(一般会計、単年度分) | 30,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年04月01日 | 大型電波望遠鏡「アルマ」による国際共同利用研究の推進 | 1,411,780,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年04月01日 | 研究大学強化促進事業 | 172,700,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年04月01日 | 大型光学赤外線望遠鏡による国際共同研究の推進 | 350,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年02月15日 | 大型光学赤外線望遠鏡「すばる」の共同利用研究(老朽化) | 501,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年02月15日 | 大型光学赤外線望遠鏡「すばる」の共同利用研究(高度化) | 300,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年02月15日 | 大型電波望遠鏡「アルマ」による国際共同利用研究の推進 | 394,516,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年02月04日 | 令和3年度先進的核融合研究開発費補助金(一般会計、単年度分) | -1,392,765円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年05月20日 | 令和3年度先進的核融合研究開発費補助金(一般会計、単年度分) | 30,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年04月01日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「メダカ先導的バイオリソース拠点形成」 | 33,910,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年04月01日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「ライフサイエンス研究用ニホンザルの飼育・繁殖・提供」 | 76,922,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年04月01日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「アサガオリソースの収集・保存・提供およびゲノム情報を用いた高度化」 | 2,866,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年04月01日 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「ゼブラフィッシュの収集・保存および提供」 | 1,887,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年04月01日 | 大型電波望遠鏡「アルマ」による国際共同利用研究の推進 | 1,411,780,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年04月01日 | 研究大学強化促進事業 | 210,600,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年03月10日 | (土岐)ライフライン再生(電気設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月25日 | (明大寺)基幹・環境整備(衛生対策等) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月25日 | (土岐)ライフライン再生(空調設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月25日 | (明大寺他)ライフライン再生(電気設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月22日 | 大型光学赤外線望遠鏡「すばる」の共同利用研究 | 428,338,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月18日 | 令和2年度先端研究設備整備補助事業(研究施設・設備・機器のリモート化・スマート化) | 139,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月03日 | 研究大学強化促進事業 | 268,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年07月17日 | 令和2年度先端研究設備整備補助事業(研究活動再開等のための研究設備の遠隔化・自動化による環境整備) | 50,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年06月05日 | (土岐)基幹・環境整備(衛生対策) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月23日 | 大型光学赤外線望遠鏡「すばる」の共同利用研究 | 394,940,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月16日 | (明大寺)ライフライン再生(熱源設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月16日 | (土岐)ライフライン再生(電気設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月16日 | (明大寺)総合研究棟改修Ⅱ(分子研) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月01日 | 大型電波望遠鏡「アルマ」による国際共同利用研究の推進 | 1,411,780,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月01日 | 令和2年度先進的核融合研究開発費補助金(一般会計、単年度分) | 30,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月01日 | 研究大学強化促進事業 | 232,700,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年03月11日 | (土岐)実験研究棟等改修 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年02月20日 | (土岐)ライフライン再生(空調設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年02月20日 | (東京都父島)災害復旧事業 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年02月12日 | (三鷹)ライフライン再生(電気設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年02月12日 | (三鷹)ライフライン再生(空調設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月26日 | 遺伝子改変モデル動物研究基盤設備 | 479,917,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月26日 | 30m光学赤外線望遠鏡(TMT)計画の推進 | 3,000,526,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月22日 | (三鷹)ライフライン再生(空調設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月22日 | (三鷹)ライフライン再生(電気設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月22日 | (土岐)ライフライン再生(空調設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月22日 | (山手)ライフライン再生(特高受変電設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月22日 | (明大寺)総合研究棟改修(分子研) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月22日 | (土岐)ライフライン再生(電気設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月01日 | 平成31年度先進的核融合研究開発費補助金(一般会計、単年度分) | 30,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月01日 | 科学技術人材育成のコンソーシアムの構築事業(次世代研究者育成プログラム) | 22,673,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月01日 | 研究大学強化促進事業 | 240,412,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月01日 | 大型電波望遠鏡「アルマ」による国際共同利用研究の推進 | 1,411,780,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2018年11月22日 | (岩手県水沢)基幹・環境整備(ブロック塀対策) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2018年04月27日 | 自然科学研究機構・機能強化促進費 | 327,109,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2018年04月16日 | 30m光学赤外線望遠鏡(TMT)計画の推進 | 545,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2018年04月12日 | (明大寺)総合研究棟改修(動物実験センター) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2018年04月01日 | 大型電波望遠鏡「アルマ」による国際共同利用研究の推進 | 1,269,811,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2018年04月01日 | 科学技術人材育成のコンソーシアムの構築事業(次世代研究者育成プログラム) | 22,120,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2018年04月01日 | 研究大学強化促進事業 | 283,300,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2017年05月29日 | 30m光学赤外線望遠鏡(TMT)計画の推進 | 299,889,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2017年05月09日 | 自然科学研究機構・機能強化促進費 | 163,429,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2017年04月12日 | (土岐)ライフライン再生(空調設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2017年04月01日 | 研究大学強化促進事業 | 290,200,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2017年04月01日 | 科学技術人材育成のコンソーシアムの構築事業(次世代研究者育成プログラム) | 26,280,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2017年04月01日 | 大型電波顕微鏡「アルマ」による国際共同利用研究の推進 | 1,262,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2017年02月13日 | (明大寺)実験研究棟改修(基生研) | – | – | 文部科学省 | – |