塩野義製薬株式会社｜半期報告書－第162期(2026/04/01－2027/03/31)｜EDINET開示書類

第一部 【企業情報】

第１ 【企業の概況】

１ 【主要な経営指標等の推移】

(注) １．当社は要約中間連結財務諸表を作成しておりますので、提出会社の主要な経営指標等の推移については記載しておりません。

２．上記指標は、国際財務報告基準(IFRS会計基準)により作成された要約中間連結財務諸表及び連結財務諸表に基づいております。

３．2022年９月に当社はシオノギ感染症研究振興財団に係る三井住友信託銀行株式会社の信託口（再信託受託者：株式会社日本カストディ銀行(信託口)）に当社株式９百万株（株式分割前は３百万株）を処分しておりますが、当該当社株式を自己株式として処理しています。そのため、基本的１株当たり中間（当期）利益及び希薄化後１株当たり中間（当期）利益の算定において、期中平均普通株式数から当該株式数を控除しております。

４．第162期中間連結会計期間において、第161期に行われた企業結合に係る暫定的な会計処理の確定を行っており、第161期中間連結会計期間および第161期の各数値については遡及的な修正を行っております。

２ 【事業の内容】

当中間連結会計期間において、当社グループ(当社及び当社の関係会社)が営む事業の内容について、重要な変更はありません。

第２ 【事業の状況】

１ 【事業等のリスク】

当中間連結会計期間において、新たに発生した事業等のリスクはありません。また、前連結会計年度の有価証券報告書に記載した事業等のリスクについて重要な変更はありません。

２ 【経営者による財政状態、経営成績及びキャッシュ・フローの状況の分析】

(1) 経営成績等

①　経営成績

当中間連結会計期間(自　2026年４月１日　至　2026年９月30日)の経営成績は、以下のとおりであります。

2026年４月に田辺ファーマ株式会社（以下、田辺ファーマ）よりエダラボン事業を承継しております。当中間連結会計期間において企業結合に係る暫定的な会計処理の確定を行っております。

前連結会計年度に株式を追加取得したViiV Healthcare Ltd.（以下、ViiV社）の持分法適用にあたっては、当中間連結会計期間において取得原価の配分が完了していないため、現時点で入手可能な合理的な情報に基づき暫定的な会計処理を行っております。なお、当中間連結会計期間においては、取得日における識別可能な無形資産の暫定的な公正価値評価を実施し、当該評価に基づく無形資産の減価償却費の影響を持分法による投資利益に反映しております。

前連結会計年度に実施した鳥居薬品株式会社（以下、鳥居薬品）の株式取得および日本たばこ産業株式会社の医薬事業（以下、JT医薬事業）の承継ならびにAkros Pharma Inc.（以下、Akros）の株式取得について、当中間連結会計期間において企業結合に係る暫定的な会計処理の確定を行っており、前連結会計年度の金額の遡及的な修正を行っております。

※１ コア営業利益：営業利益から非経常的な項目（減損損失、有形固定資産売却益など）を調整した利益

※２ Earnings Before Interest, Taxes, Depreciation, and Amortization：コア営業利益に減価償却費を加えた利益

売上収益につきましては3,504億円（前年同期比64.5％増）となり、中間連結会計期間における過去最高を更新しました。主な内訳は、国内医療用医薬品は743億円（前年同期比101.7％増）、海外子会社および輸出が950億円（前年同期比210.2％増）、ロイヤリティー収入が1,654億円（前年同期比27.9％増）となりました。

国内医療用医薬品につきましては、鳥居薬品関連製品および筋萎縮性側索硬化症（ALS）等治療薬であるエダラボン（日本での製品名：ラジカット）の売上収益の計上ならびに不眠症治療薬クービビックの処方拡大が増収に寄与しました。海外子会社および輸出につきましては、北米（米国・カナダ）におけるエダラボン（米国・カナダでの製品名：RADICAVA）の売上収益を計上したことに加え、セフィデロコル（米国での製品名：Fetroja、欧州での製品名：Fetcroja）の欧米における販売が拡大しました。ロイヤリティー収入につきましては、ViiV社のHIVフランチャイズの販売拡大に伴うロイヤリティー収入の増加に加え、旧JT医薬事業に関連するロイヤリティー収入を計上したことにより、増収となりました。

利益面では、鳥居薬品の連結子会社化およびJT医薬事業ならびにエダラボン事業の承継に伴い、売上原価、販売費及び一般管理費、研究開発費が増加しました。このうち販売費及び一般管理費は、旧JT医薬事業およびエダラボン事業の承継に係る無形資産の償却費と、米国事業の販売関連費用が主な増加要因です。また、当中間連結会計期間に実施した当社の中国グループ会社である深圳市聯誠医薬有限公司および南京長澳製薬有限公司の株式譲渡契約締結に伴う対象資産の減損損失等をその他の費用に計上しました。これらの費用が増加したものの、売上収益の増加およびViiV社の持分法適用関連会社化に伴う持分法による投資利益の計上により、営業利益は1,152億円(前年同期比55.8％増)となりました。

税引前中間利益は、1,073億円（前年同期比9.9％増）となりました。ViiV社の持分法適用関連会社化に伴い、前連結会計年度まで金融収益として計上していた同社からの受取配当金を、当中間連結会計期間より連結財政状態計算書の「持分法で会計処理されている投資」から減額したことによる金融収益の減少および為替差損の計上による金融費用の増加の一方で、営業利益が拡大したことにより増益となりました。

親会社の所有者に帰属する中間利益は、1,195億円（前年同期比44.0％増）となりました。税引前中間利益の増加に加え、当中間連結会計期間において、米国子会社がエダラボン事業を承継したことにより将来の課税所得の発生が見込まれることとなったため、税務上の繰越欠損金に係る繰延税金資産を計上し、法人所得税費用が減少したことが主な要因です。

以上により、営業利益および親会社の所有者に帰属する中間利益は、いずれも中間連結会計期間における過去最高を更新しました。

②　財政状態

当中間連結会計期間末の資産合計は２兆6,410億68百万円で、前連結会計年度末に比べて555億48百万円増加しました。

非流動資産は、田辺ファーマからのエダラボン事業の承継に伴うのれんや無形資産の増加により、１兆6,161億21百万円となり、前連結会計年度末に比べて3,409億38百万円増加しました。なお、当該のれん等の金額については取得原価の配分が完了しており、確定金額となります。流動資産はエダラボン事業の承継に伴う現金及び現金同等物の減少により、１兆249億46百万円となり、前連結会計年度末に比べて2,853億89百万円減少しました。

資本については１兆7,469億78百万円となり、配当金の支払による減少の一方で、中間利益の計上により、前連結会計年度末に比べて566億87百万円増加しました。

負債については8,940億89百万円で、前連結会計年度末に比べて11億38百万円減少しました。

非流動負債は681億85百万円で、前連結会計年度末に比べて４億44百万円増加しました。流動負債は8,259億４百万円となり、未払金（その他の金融負債に含みます）の減少等により前連結会計年度末に比べて15億83百万円減少しました。

当中間連結会計期間に実施した不動産売買契約締結および当社の中国グループ会社である深圳市聯誠医薬有限公司および南京長澳製薬有限公司の株式譲渡契約締結に伴い、売却取引により回収が見込まれる資産および関連する負債については、「売却目的で保有する資産」および「売却目的で保有する資産に直接関連する負債」として計上しています。

なお、前連結会計年度に実施した鳥居薬品の株式取得およびJT医薬事業の承継ならびにAkrosの株式取得について、当中間連結会計期間において企業結合に係る暫定的な会計処理の確定を行っており、前連結会計年度の金額の遡及的な修正を行っております。当中間連結会計期間末との比較・分析にあたっては、遡及修正後の金額を用いております。

③　キャッシュ・フロー

当中間連結会計期間の営業活動によるキャッシュ・フローは、税引前中間利益の増加、減価償却費及び償却費の増加により、前年同期に比べ511億14百万円多い1,426億５百万円の収入となりました。

投資活動によるキャッシュ・フローは、田辺ファーマからのエダラボン事業の承継に伴う事業譲受による支出等により、前年同期に比べ2,316億75百万円多い4,346億63百万円の支出となりました。

財務活動によるキャッシュ・フローは、支払配当金の増加等により、前年同期に比べ50億71百万円多い354億31百万円の支出となりました。

これらを合わせた当中間連結会計期間の現金及び現金同等物の増減額は3,320億75百万円の減少となり、当中間連結会計期間末の現金及び現金同等物の中間期末残高は、3,764億82百万円となりました。

(2) 優先的に対処すべき事業上及び財務上の課題

当中間連結会計期間において、当社グループが優先的に対処すべき課題について重要な変更はありません。

(3) 研究開発活動

当中間連結会計期間は、当社が注力する感染症領域と社会的影響度の高いQOL疾患領域における重点プロジェクトを中心に、積極的かつ着実に研究開発活動を推進しました。

①　研究

社会的影響度の高いQOL疾患領域において、自己免疫疾患を対象としたS-229531や閉塞性睡眠時無呼吸症候群を対象としたS-213951の非臨床試験を新たに開始しました。

上記以外にも、複数の研究プロジェクトが順調に進展しました。

②　開発

―感染症領域―

COVID-19に対する経口の抗ウイルス薬であるエンシトレルビル（日本での製品名：ゾコーバ）については、国内において小児６-11歳への適応拡大の承認を取得しました。また、グローバル第３相曝露後発症予防試験（SCORPIO-PEP試験）の良好な結果に基づき、COVID-19の曝露後予防を適応として米国、欧州および台湾において承認を取得しました。さらに、COVID-19に対する次世代の抗ウイルス薬secutrelvirについては、経口薬による治療を適応とした第３相臨床試験を開始しました。

JN.1系統に対応したCOVID-19予防ワクチンのS-268024（日本での製品名：コブゴーズ筋注）は、国内において追加免疫としての用法用量を追加する一部変更承認を取得し、当社初となるワクチン製品の販売に向けた準備を進めています。

グラム陰性菌感染症に対する抗菌薬であるセフィデロコル（日本での製品名：フェトロージャ）について、米国および欧州において、小児への適応拡大の承認申請を行いました。また、豪州においては、治療選択肢が限られた成人患者を対象として承認を取得しました。

侵襲性アスペルギルス症に対する治療薬オロロフィムについて、第３相臨床試験で主要評価項目を達成し、既存治療群に対する非劣性および良好な安全性を確認しました。本結果に基づき、欧州での承認申請に向けた準備を進めています。

―社会的影響度の高いQOL疾患領域－

栄養障害型表皮水疱症に対する治療薬であるレダセムチドの追加第２相臨床試験で、主要評価項目を達成し、良好な安全性を確認しました。

オピオイド誘発性便秘症に対する治療薬ナルデメジン（日本での製品名：スインプロイク）について、中国大陸において承認を取得しました。

アトピー性皮膚炎の治療薬であるタピナロフ（日本での製品名：ブイタマー）について、国内において小児の適応拡大のための承認を取得しました。

このほか、複数の開発プロジェクトが順調に進展しました。

こうした活動の結果、当中間連結会計期間における当社グループ全体の研究開発費は、674億30百万円となり、売上収益に対する比率は19.2％となりました。

３ 【重要な契約等】

当社および連結子会社は、当中間連結会計期間において、以下の契約を締結および変更いたしました。

１．当社

(1) 出資契約

(2) 技術導入

※2026年３月23日に締結したApnimed, Inc.およびShionogi-Apnimed Sleep Science, LLCとの持分譲渡契約に基づく契約変更であります。

２．連結子会社

当社は、2026年10月５日に開催された取締役会において、当社の米国グループ会社Shionogi Inc.がIntraBio Inc.と買収契約を締結することを決議し、同日付で契約を締結しました。詳細は、「第４ 経理の状況 １ 要約中間連結財務諸表 要約中間連結財務諸表注記 14．後発事象」に記載しております。

第３ 【提出会社の状況】

１ 【株式等の状況】

(1) 【株式の総数等】

① 【株式の総数】

② 【発行済株式】

(2) 【新株予約権等の状況】

① 【ストックオプション制度の内容】

該当事項はありません。

② 【その他の新株予約権等の状況】

該当事項はありません。

(3) 【行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の行使状況等】

 該当事項はありません。

(4) 【発行済株式総数、資本金等の推移】

(5) 【大株主の状況】

(注) １．2015年３月６日付で公衆の縦覧に供されている大量保有報告書において、ＳＭＢＣ日興証券株式会社、株式会社三井住友銀行及び株式会社関西アーバン銀行の３社連名により、2015年２月27日現在でそれぞれ次の通り当社の株式を所有している旨が記載されているものの、当社として2026年９月30日現在の株式の名義人その他が確認できないため、上記大株主の状況には含めておりません。なお、当該大量保有報告書の内容は次のとおりであります。

2015年２月27日現在

２．2023年６月21日付で公衆の縦覧に供されている大量保有報告書において、野村アセットマネジメント株式会社、ノムラインターナショナルピーエルシー(ＮＯＭＵＲＡ ＩＮＴＥＲＮＡＴＩＯＮＡＬ ＰＬＣ)の２社連名により、2023年６月15日現在でそれぞれ次の通り当社の株式を所有している旨が記載されているものの、当社として2026年９月30日現在の株式の名義人その他が確認できないため、上記大株主の状況には含めておりません。なお、当該大量保有報告書の内容は次のとおりであります。

2023年６月15日現在

３．2025年１月７日付で公衆の縦覧に供されている大量保有報告書において、国際投資一任業務会社ブラックロック・ジャパン株式会社、関係会社11社連名により、2024年12月31日現在でそれぞれ次の通り当社の株式を所有している旨が記載されているものの、当社として2026年９月30日現在の株式の名義人その他が確認できないため、上記大株主の状況には含めておりません。なお、当該大量保有報告書の内容は次のとおりであります。

４．2025年９月19日付で公衆の縦覧に供されている大量保有報告書において、三井住友信託銀行株式会社、三井住友トラスト・アセットマネジメント株式会社及びアモーヴァ・アセットマネジメント株式会社の３社連名により、2025年９月15日現在でそれぞれ次の通り当社の株式を所有している旨が記載されているものの、当社として2026年９月30日現在の株式の名義人その他が確認できないため、上記大株主の状況には含めておりません。なお、当該大量保有報告書の内容は次のとおりであります。

2025年９月15日現在

５．2026年５月11日付で公衆の縦覧に供されている大量保有報告書において、ウエリントン・マネージメント・カンパニー・エルエルピー、関係会社４社連名により、2026年４月30日現在でそれぞれ次の通り当社の株式を所有している旨が記載されているものの、当社として2026年９月30日現在の株式の名義人その他が確認できないため、上記大株主の状況には含めておりません。なお、当該大量保有報告書の内容は次のとおりであります。

2026年４月30日現在

(6) 【議決権の状況】

① 【発行済株式】

（注） 上記「完全議決権株式(その他)」の欄には、証券保管振替機構名義の株式が12,000株(議決権の数120個)含まれております。

② 【自己株式等】

２ 【役員の状況】

前事業年度の有価証券報告書の提出日後、当中間会計期間における役員の異動はありません。

第４ 【経理の状況】

１．要約中間連結財務諸表の作成方法について

当社の要約中間連結財務諸表は、「連結財務諸表の用語、様式及び作成方法に関する規則」(昭和51年大蔵省令第28号。以下「連結財務諸表規則」という。)第312条の規定により、国際会計基準第34号「期中財務報告」に準拠して作成しております。

また、当社は、金融商品取引法第24条の５第１項の表の第１号の上欄に掲げる会社に該当し、連結財務諸表規則第１編及び第５編の規定により第１種中間連結財務諸表を作成しております。

２．監査証明について

当社は、金融商品取引法第193条の２第１項の規定に基づき、中間連結会計期間(2026年４月１日から2026年９月30日まで)に係る要約中間連結財務諸表について、EY新日本有限責任監査法人による期中レビューを受けております。

１ 【要約中間連結財務諸表】

(1) 【要約中間連結損益計算書及び要約中間連結包括利益計算書】

【要約中間連結損益計算書】

【要約中間連結包括利益計算書】

(2) 【要約中間連結財政状態計算書】

(3) 【要約中間連結持分変動計算書】

前中間連結会計期間　(自　2025年４月１日　至　2025年９月30日)

当中間連結会計期間　(自　2026年４月１日　至　2026年９月30日)

(4) 【要約中間連結キャッシュ・フロー計算書】

【要約中間連結財務諸表注記】

１．報告企業

塩野義製薬株式会社(以下「当社」という)は日本に所在する企業であります。

当社グループ(当社及び連結子会社)は、医療用医薬品の研究開発、仕入、製造、販売並びにこれらの付随業務を主な事業としております。登記上の本社の住所は、ホームページ (https://www.shionogi.com) で開示しております。

２．作成の基礎

(1) 要約中間連結財務諸表が国際財務報告基準(IFRS会計基準)に準拠している旨

当社グループの要約中間連結財務諸表は、国際会計基準第34号「期中財務報告」に準拠して作成しております。

当社は、「連結財務諸表の用語、様式及び作成方法に関する規則」(昭和51年大蔵省令第28号)第１条の２第２号に掲げる「指定国際会計基準特定会社」の要件を満たしていることから、同第312条の規定を適用しております。

本要約中間連結財務諸表は、年次の連結財務諸表で要求される全ての情報が含まれていないため、前連結会計年度の連結財務諸表と併せて利用されるべきものであります。

本要約中間連結財務諸表は、2026年11月10日に代表取締役会長兼社長 CEO 手代木 功によって承認されております。

(2) 測定の基礎

当社グループの要約中間連結財務諸表は、公正価値で測定する金融商品等を除き、取得原価を基礎として作成しております。

(3) 機能通貨及び表示通貨

当社グループの要約中間連結財務諸表は当社の機能通貨である日本円を表示通貨としており、百万円未満の端数を切り捨てて表示しております。

(4) 重要な会計上の判断、見積り及び仮定

当社グループの要約中間連結財務諸表の作成において、経営者は、収益、費用、資産及び負債の報告金額に影響を及ぼす判断、見積り及び仮定を行うことを要求されております。しかし、これらの見積り及び仮定に関する不確実性により、実際の業績は見積りとは異なる場合があります。また、見積り及びその基礎となる仮定は継続して見直しております。これらの見直しによる影響は、見直しを行った会計期間及びそれ以降の将来の会計期間において認識されます。

要約中間連結財務諸表に重要な影響を与える会計上の判断、見積り及び仮定は、前連結会計年度に係る連結財務諸表と同様であります。

（ViiV Healthcare Ltd.株式追加取得における暫定的な会計処理の実施）

前連結会計年度に株式を追加取得したViiV Healthcare Ltd.の持分法適用にあたっては、当中間連結会計期間において取得原価の配分が完了していないため、現時点で入手可能な合理的な情報に基づき暫定的な会計処理を行っております。なお、当中間連結会計期間においては、取得日における識別可能な無形資産の暫定的な公正価値評価を実施し、当該評価に基づく無形資産の減価償却費の影響を持分法による投資利益に反映しております。

３．重要性がある会計方針

本要約中間連結財務諸表において適用する重要性がある会計方針は、以下を除き、前連結会計年度に係る連結財務諸表において適用した会計方針と同様であります。なお、当中間連結会計期間の法人所得税費用は、見積年次実効税率を基に算定しております。

（売却目的で保有する資産）

継続的な使用ではなく、売却により回収が見込まれる資産または処分グループのうち、１年以内に売却する可能性が非常に高く、かつ現在の状態で即時に売却可能で、当社グループの経営者が売却を確約している資産または処分グループを売却目的保有に分類しております。

売却目的保有に分類した資産または処分グループは、その帳簿価額と売却コスト控除後の公正価値のいずれか低い金額で測定しております。

また、売却目的で保有する資産に分類した後は減価償却または償却を中止しております。

４．セグメント情報

当社グループは、医療用医薬品の研究開発、仕入、製造、販売並びにこれらの付随業務を事業内容とする単一事業であります。製品別の販売状況、会社別の利益などの分析は行っておりますが、事業戦略の意思決定、研究開発費を中心とした経営資源の配分は当社グループ全体で行っており、従って、セグメント情報の開示は省略しております。

５．売上収益

売上収益の内訳は、以下のとおりであります。

要約中間連結損益計算書の「売上収益」は、顧客との契約から認識した収益及びその他の源泉から認識した収益であります。その他の源泉から認識した収益に重要性はありません。また、「４．セグメント情報」に記載のとおり、当社グループは、セグメント情報の開示は省略しております。

当社グループの売上収益は、以下の内容から構成されております。国内医療用医薬品の売上収益には、日本国内における医療用医薬品の販売収入、コ・プロモーション契約に係る報酬が含まれております。輸出及び海外子会社の売上収益には、輸出取引による収入、海外子会社での販売収入及びロイヤリティー収入が含まれております。製造受託の売上収益には医薬品原薬の製造受託に係る収入が含まれております。一般用医薬品の売上収益には、当社並びに国内子会社における一般用医薬品の販売収入及びロイヤリティー収入が含まれております。ロイヤリティー収入には、当社及び国内子会社におけるロイヤリティー収入が含まれております。その他の売上収益には、診断薬の販売収入及び国内子会社の売上収益等が含まれております。

６．要約中間連結キャッシュ・フロー計算書

前中間連結会計期間（自　2025年４月１日　至　2025年９月30日）

要約中間連結キャッシュ・フロー計算書上の「貸付けによる支出」として表示している45,000百万円は、鳥居薬品の自己株式取得にかかる資金として鳥居薬品に貸し付けたものです。

当中間連結会計期間（自　2026年４月１日　至　2026年９月30日）

該当事項はありません。

７．１株当たり中間利益

基本的１株当たり中間利益及び希薄化後１株当たり中間利益の算定上の基礎は以下のとおりであります。

(注) １. 逆希薄化効果を有するため、希薄化後１株当たり中間利益の算定から除外した金融商品はありません。

２．2022年９月に当社はシオノギ感染症研究振興財団に係る三井住友信託銀行株式会社の信託（再信託受託者：株式会社日本カストディ銀行(信託口)）に当社株式９百万株（株式分割前は３百万株）を処分しておりますが、当該当社株式を自己株式として処理しています。そのため、基本的１株当たり中間利益及び希薄化後１株当たり中間利益の算定において、期中平均普通株式数から当該株式数を控除しております。

３．当中間連結会計期間において、前連結会計年度に行われた企業結合に係る暫定的な会計処理の確定を行っており、前中間連結会計期間の各数値については遡及的な修正を行っております。

８．資本及びその他の資本項目

前中間連結会計期間（自　2025年４月１日　至　2025年９月30日）

（企業結合による変動）

「12．企業結合」に記載のとおり、当社の持分法適用関連会社であった鳥居薬品は、2025年９月１日開催の臨時株主総会において、日本たばこ産業が所有する鳥居薬品の普通株式の全ての取得を実行することについて決議し、同日、本自己株式取得の効力が発生いたしました。これにより、本自己株式取得の実行日である2025年９月１日付で、当社の連結子会社となりました。当社の持分割合は86.34％であり、差分の13.66％は非支配株主の持分であるため、非支配株主持分が増加しております。

当中間連結会計期間（自　2026年４月１日　至　2026年９月30日）

該当事項はありません。

９．配当金

(1) 配当の総額及び１株当たり配当額

前中間連結会計期間(自　2025年４月１日　至　2025年９月30日)

（注）2025年６月18日定時株主総会決議による配当の総額には、シオノギ感染症研究振興財団に係る三井住友信託銀行株式会社の信託（再信託受託者：株式会社日本カストディ銀行（信託口））が保有する当社株式に対する配当金297百万円が含まれております。

当中間連結会計期間(自　2026年４月１日　至　2026年９月30日)

（注）2026年６月24日定時株主総会決議による配当の総額には、シオノギ感染症研究振興財団に係る三井住友信託銀行株式会社の信託（再信託受託者：株式会社日本カストディ銀行（信託口））が保有する当社株式に対する配当金  342百万円が含まれております。

(2) 基準日が当中間連結会計期間に属する配当のうち、配当の効力発生日が当中間連結会計期間の末日後となるもの

前中間連結会計期間(自　2025年４月１日　至　2025年９月30日)

（注）2025年10月27日取締役会決議による配当の総額には、シオノギ感染症研究振興財団に係る三井住友信託銀行株式会社の信託（再信託受託者：株式会社日本カストディ銀行（信託口））が保有する当社株式に対する配当金297百万円が含まれております。

当中間連結会計期間(自　2026年４月１日　至　2026年９月30日)

（注）2026年10月29日取締役会決議による配当の総額には、シオノギ感染症研究振興財団に係る三井住友信託銀行株式会社の信託（再信託受託者：株式会社日本カストディ銀行（信託口））が保有する当社株式に対する配当金360百万円が含まれております。

10．金融商品の公正価値

(1) 公正価値の算定方法

当要約中間連結財務諸表において使用する主な金融資産・負債の公正価値の測定方法は、前連結会計年度末に係る連結財務諸表において使用した測定方法と同一であります。

(2) 償却原価で測定される金融商品

償却原価で測定される金融商品の帳簿価額と公正価値は以下のとおりであります。

(単位：百万円)

(3) 公正価値で測定される金融商品

金融商品の公正価値のヒエラルキーは、次のとおり区分しております。

レベル１：活発な市場における無調整の相場価格により測定された公正価値

レベル２：レベル１に含まれる相場価格以外で、直接又は間接的に観察可能なインプットにより測定された公正価値

レベル３：観察可能でないインプットを含む、評価技法を用いて測定された公正価値

公正価値のヒエラルキーのレベル間の振替は、振替を生じさせた事象又は状況の変化が生じた日に認識しております。

①　公正価値のヒエラルキー

公正価値のヒエラルキーの各レベルに分類された、公正価値で測定される金融資産及び金融負債の内訳は以下のとおりであります。

前連結会計年度(2026年３月31日)

(単位：百万円)

当中間連結会計期間(2026年９月30日)

(単位：百万円)

(注) １．レベル１の金融資産には、上場株式等が含まれております。

２．レベル２の金融資産・金融負債は、主として為替予約取引等のデリバティブ取引に係るものです。これらの公正価値は、取引先金融機関から提示された価格に基づき算定しております。

３．レベル３の金融資産は、主として非上場株式及び出資金であります。これらの公正価値は、純資産価値に基づく評価技法、割引将来キャッシュ・フローに基づく評価技法又はその他の評価技法を用いて算定しております。担当者が関連する社内規程に従い、又は外部の評価専門家を利用し、リスク、特徴及び性質を適切に反映できる評価技法を決定したうえで公正価値を算定しております。

４．条件付対価は、研究開発の状況等に応じて支払うマイルストンや将来売上に応じて支払われるロイヤリティーであり、その公正価値は、当該研究開発が成功する可能性や売上予測および貨幣の時間的価値を考慮して計算しています。公正価値の測定に影響を与える仮定（研究開発の成功確率や売上予測等）が変動した場合、公正価値は増減します。

②　レベル３に区分された金融商品の期首残高から期末残高への調整表

公正価値ヒエラルキーのレベル３に区分される公正価値測定の期首残高と期末残高の調整表は、以下のとおりであります。

(単位：百万円)

（注） １．要約中間連結損益計算書の「金融収益」及び「金融費用」に含まれております。

２．要約中間連結包括利益計算書の「その他の包括利益を通じて公正価値で測定するものとして指定した資本性金融商品の公正価値の純変動額」及び「在外営業活動体の外貨換算差額」に含まれております。

３．保有株式の上場による振替であります。

11．偶発債務

下記の会社の債務に対して債務保証を行っております。

（単位：百万円）

（注）１．国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)から医療研究開発革新基盤創成事業として締結された環境整備契約に基づく債務であります。

２．当社グループ以外の２社と連帯保証を行っております。

12．企業結合

当中間連結会計期間（自　2026年４月１日　至　2026年９月30日）

（鳥居薬品、JT医薬事業、Akros）

前連結会計年度において実施した下記の企業結合について、当中間連結会計期間において暫定的な会計処理の確定を行っております。これに伴い、前連結会計年度および前中間連結会計期間の連結財務諸表の金額の遡及的な修正を行っております。

当社は、2025年５月７日開催の取締役会において、鳥居薬品株式会社（以下、鳥居薬品）の普通株式を金融商品取引法による公開買付け（以下、本公開買付け）により取得すること、日本たばこ産業株式会社（以下、日本たばこ産業）の医薬事業（以下、JT医薬事業）を会社分割（簡易吸収分割）により当社へ承継すること（以下、本吸収分割）および米国子会社Shionogi Inc.によるAkros Pharma Inc.（日本たばこ産業の100％孫会社、以下、Akros）の発行済株式全部の譲受（以下、本株式譲受）に関する合意書を締結することを決議しました。

当社は、2025年５月８日から、本公開買付けを実施しておりましたが、本公開買付けの決済の開始日である2025年６月25日付で鳥居薬品を持分法適用関連会社としました。

鳥居薬品は、2025年９月１日開催の臨時株主総会において、日本たばこ産業が所有する鳥居薬品の普通株式の全ての取得（以下、本自己株式取得）を実行することについて決議し、同日、本自己株式取得の効力が発生いたしました。これにより、本自己株式取得の実行日である2025年９月１日付で、鳥居薬品は当社の子会社となりました。

2025年12月１日付で、簡易吸収分割によりJT医薬事業の当社への承継を完了するとともに、JT America Inc.からの本株式譲受によりAkrosはShionogi Inc.の子会社となりました。

鳥居薬品

１．企業結合の概要

（1）被取得企業の名称および事業の内容

　　　被取得企業の名称　　　　　　　　　鳥居薬品株式会社

　　　被取得企業の事業の内容　　　　　　医薬品の製造・販売

　　　取得日　　　　　　　　　　　　　　2025年９月１日

（2）企業結合を行った主な理由

当社グループは、中期経営計画であるSTS2030 Revisionの取り組みの中で、「新たなプラットフォームでヘルスケアの未来を創り出す」というビジョンの実現のために、JT医薬事業との協業に関しての検討を2024年初頭より進めてまいりました。検討の結果、当社グループによるJT医薬事業の取得、Akrosおよび鳥居薬品の完全子会社化は当該ビジョン実現のための意義が大きいと考えております。

JT医薬事業が研究開発を担う一方で、鳥居薬品が製造・販売およびプロモーション活動を担い、両社で一体的なバリューチェーンを構築することで効率的な協業体制を確立しております。鳥居薬品は皮膚疾患領域、アレルゲン領域および腎・透析領域に強みを持つ製薬企業であり、中長期事業ビジョン「VISION2030」の達成および2030年以降の持続的成長を確実なものとするべく、「既存製品および開発品の価値最大化」および「新規導入品の獲得」に注力しております。

本取引後は、診療科、施設に対する当社と鳥居薬品の異なる強みが統合され、情報提供の範囲が広がり、かつ医師のニーズにあった適切な情報提供が実現すること、将来の開発パイプラインについてグローバル展開の可能性が高まり、国内外での研究開発・販売データの収集および評価を積み重ねることで販売強化に繋がること、当社の製造施設を活用することで、製品の増産などのフレキシブルな生産体制を自社において確立することができること等のシナジーが期待できることから、鳥居薬品の親会社であった日本たばこ産業から鳥居薬品が自己株式を取得することにより、当社グループの子会社化に至りました。

（3）取得した資本持分の割合

２．被取得企業の取得対価の公正価値

既保有持分の公正価値　　　　　　　69,754百万円

３．取得日現在における取得資産、引受負債および支払対価の公正価値

（単位：百万円）

（注）１．当中間連結会計期間において、取得日における識別可能資産および負債の公正価値を算定し、取得原価の配分が完了しております。

２．無形資産は主に販売権であります。

３．のれんの内容は、主に期待される将来の収益力に関連して発生したものであります。なお、認識されたのれんのうち、税務上損金算入が見込まれるものはありません。

４．非支配持分は、支配獲得日における識別可能な被取得企業の純資産に、企業結合後の非支配持分比率を乗じて測定しております。

４．取得関連費用

791百万円

取得関連費用は、連結損益計算書の「販売費及び一般管理費」に含まれています。

５．取得に伴うキャッシュ・フロー

６．段階的に達成された企業結合

段階取得に係る差損に重要性はありません。

７．業績に与える影響

当該企業結合に係る取得日以降に生じた前中間連結会計期間の売上収益及び中間利益はそれぞれ5,519百万円及び△27百万円であります。また、当該企業結合が期首に行われたと仮定した場合の前中間連結会計期間の売上収益及び中間利益はそれぞれ241,054百万円及び84,036百万円（プロフォーマ情報）であります。

なお、当該プロフォーマ情報は監査法人のレビューを受けておりません。

８．追加取得

2025年10月に、2025年９月に連結子会社化した鳥居薬品の株式をスクイーズアウト手続によって追加取得いたしました。当該取得は本自己株式取得と単一の取引として会計処理することが適切であると判断しております。

その結果、当社の鳥居薬品に対する持分比率は86.34％から100.00％に増加しております。

スクイーズアウト手続により追加取得した鳥居薬品の株式の取得対価は11,026百万円であり、追加取得に伴い非支配持分が8,682百万円減少し、のれんが2,343百万円増加しております。

JT医薬事業

１．企業結合の概要

（1）被取得企業の名称および事業の内容

　　　被取得企業の名称　　　　　　　　　日本たばこ産業株式会社

　　　被取得企業の事業の内容　　　　　　医薬事業

　　　取得日　　　　　　　　　　　　　　2025年12月１日

（2）企業結合を行った主な理由

JT医薬事業は、1987年の事業参入以来、安定的な研究開発投資を重ね、ファースト・イン・クラスの低分子創薬に向け、医療用医薬品の研究開発に取り組んできました。現在は「科学、技術、人財を大切にし、患者様の健康に貢献します。」という事業Purposeのもと国際的に通用するオリジナル新薬の創製を目指し、主に日本たばこ産業が研究開発を行う一方で、鳥居薬品が製造、販売およびプロモーション活動を担うことで、両社で一体的なバリューチェーンを構築し、グループ内でのシナジーを最大限に発揮しながら事業運営を行っております。JT医薬事業は「循環器・腎臓・筋」「免疫・炎症」「中枢」の３領域を重点研究開発領域としており、低分子創薬に特化した研究開発や国内外研究開発拠点の連携による効率的かつスピーディーな臨床開発を強みとしております。また、早期に患者さまに自社で創製した新薬を届けるために、自社での開発推進に加え、グローバルメガファーマへの導出や提携を積極的に行っております。

当社のビジョンの実現のために、低分子創薬に強みを持ち、高い研究開発技術を持つJT医薬事業を当社が承継することにより、両社が保有する有力なパイプライン開発の加速および当社の医薬品製造機能と連携体制構築による効率的かつスピーディーな事業運営が可能になるとの結論に至りました。当社といたしましては、本件は「日本発の革新的な医薬品を世界に届けるリーディング・カンパニー」を誕生させ、世界中の患者さま、人々の健康に貢献する企業として、持続可能で健全な社会の実現に寄与するものであると考えております。

２．被取得企業の取得対価の公正価値

取得対価の公正価値　　　　　　　4,271百万円(運転資本等調整後)

３．取得日現在における取得資産、引受負債および支払対価の公正価値

（単位：百万円）

（注）１．当中間連結会計期間において、取得日における識別可能資産および負債の公正価値を算定し、取得原価の配分が完了しております。

２．無形資産は主に販売権であります。

３．取得した資産の公正価値測定にあたり、無形資産および有形固定資産（土地・建物）の評価益を認識したこと等を理由として、取得した純資産の公正価値が取得対価を上回ったため、本吸収分割により負ののれん発生益48,970百万円が発生しています。発生した負ののれん発生益を連結損益計算書の「その他の収益」に計上しております。

４．取得関連費用

708百万円

取得関連費用は、連結損益計算書の「販売費及び一般管理費」に含まれています。

５．取得に伴うキャッシュ・フロー

Akros

１．企業結合の概要

（1）被取得企業の名称および事業の内容

　　　被取得企業の名称　　　　　　　　　Akros Pharma Inc.

　　　被取得企業の事業の内容　　　　　　海外における臨床開発と共同研究・新規技術案件探索

　　　取得日　　　　　　　　　　　　　　2025年12月１日

（2）企業結合を行った主な理由

JT医薬事業の「１．企業結合の概要　（2）企業結合を行った主な理由」を参照ください。

（3）取得した資本持分の割合

２．被取得企業の取得対価の公正価値

取得対価の公正価値　　　　　　　4,238百万円(運転資本等調整後)

３．取得日現在における取得資産、引受負債および支払対価の公正価値

（単位：百万円）

（注）１．当中間連結会計期間において、取得日における識別可能資産および負債の公正価値を算定し、取得原価の配分が完了しております。

２．取得した資産および引き受けた負債について、企業結合に伴い公正価値で測定し支払対価と比較した結果、発生した負ののれん発生益を連結損益計算書の「その他の収益」に計上しております。

４．取得に伴うキャッシュ・フロー

（エダラボン事業）

当第１四半期連結会計期間において実施した下記の企業結合について、当中間連結会計期間において暫定的な会計処理の確定を行っております。

当社は、2026年４月１日付で、田辺ファーマ株式会社が開発・販売する筋萎縮性側索硬化症（ALS）等治療薬であるエダラボン（日本での製品名「ラジカット」、米国での製品名「RADICAVA」）に関する事業を取得しました。当該事業取得には、主要国・地域における知的財産権、販売権その他の関連する資産および負債ならびに当該事業の運営主体であるRADIANCE NEWCO, LLC他１社の持分が含まれております。

また、RADIANCE NEWCO, LLC他１社は、本事業取得に伴い当社の連結子会社となりました。

なお、2026年７月１日付で、Shionogi Inc.を吸収合併存続会社、RADIANCE NEWCO, LLCを吸収合併消滅会社とする吸収合併を実施しました。

１．企業結合の概要

（1）取得事業の内容および取得日

　　　取得事業の内容　　　　　筋萎縮性側索硬化症（ALS）等治療薬エダラボンの販売等

　　　取得日　　　　　　　　　2026年４月１日

（2）企業結合を行った主な理由

当社は、「健やかで豊かな人生への貢献」を重要課題の一つとして掲げ、将来のアンメットニーズが大きいと想定される希少疾患等の社会的影響度の高いQOL疾患を研究開発の注力領域に定め、ソリューションの提供に向けた取り組みを進めております。

本事業の取得により、ALSという希少疾患を対象とする治療薬であるエダラボンのグローバルでの知的財産権および販売権等を取得し、希少疾患領域に精通した人材や事業運営に関するノウハウ、米国における事業基盤を獲得しました。

当社は、本事業の取得により事業基盤を強化するとともに、エダラボンの価値最大化および希少疾患領域におけるソリューションの提供拡大を通じて、中長期的な企業価値の向上を目指してまいります。

（3）取得企業が取得事業および被取得企業の支配を獲得した方法

当社は2026年４月１日に、エダラボン事業に関する主要国・地域における知的財産権、販売権その他の関連する資産および負債を取得するとともに、当該事業の運営主体であるRADIANCE NEWCO, LLC他１社の持分の100％を取得することにより、これらの会社に対する支配を獲得しました。

２．被取得企業の取得対価の公正価値

３．条件付対価

条件付対価は、契約に定められた将来事象の発生に応じて支払われるものであり、取得日時点の公正価値4,639百万円を認識しております。

当該条件付対価には、対象製品の将来の売上高に所定のロイヤリティー率を乗じて算定されるロイヤリティーが含まれており、支払額に上限はなく、将来の売上高に応じて変動します。公正価値は、将来の売上予測および貨幣の時間的価値等を考慮して算定しております。当該公正価値のヒエラルキーはレベル３です。なお、公正価値のヒエラルキーについては、注記「10．金融商品の公正価値」に記載しております。

４．取得関連費用

598百万円

取得関連費用は、連結損益計算書の「販売費及び一般管理費」に含まれています。

５．取得日現在における取得資産、引受負債および支払対価の公正価値

　　（単位：百万円）

（注）１．当中間連結会計期間において、取得日における識別可能資産および負債の公正価値を算定し、取得原価の配分が完了しております。

２．無形資産は主に販売権であります。

３．取得した債権の公正価値と契約上の未収金額は、概ね同額であります。契約上の未収金額のうち、回収不能と見込まれるものはありません。

４．のれんの内容は、主に期待される将来の収益力に関連して発生したものであります。なお、認識されたのれんのうち、税務上損金算入が見込まれるものはありません。

６．取得に伴うキャッシュ・フロー

７．業績に与える影響

当該企業結合に係る取得日以降の売上収益および中間利益はそれぞれ54,407百万円および7,861百万円であります。また、当該企業結合が当連結会計年度の期首に実施されたと仮定した場合における当社グループの売上収益および中間利益（プロフォーマ情報）については、取得日が当連結会計年度の期首であるため、記載を省略しております。

13．売却目的で保有する資産及び直接関連する負債

売却目的で保有する資産及び直接関連する負債の内訳は、以下のとおりであります。

（単位：百万円）

当中間連結会計期間末における売却目的で保有する資産および直接関連する負債は、当中間連結会計期間に実施した不動産売買契約締結および当社の中国グループ会社である深圳市聯誠医薬有限公司および南京長澳製薬有限公司の株式譲渡契約締結に伴い、売却取引により回収が見込まれる資産および関連する負債を売却目的保有に分類したものであります。

当該不動産売買契約に係る不動産の売却は2026年10月29日に実行いたしました。

中国グループ会社の株式譲渡契約に伴い売却目的保有に分類される資産については、売却コスト控除後の公正価値まで減額し減損損失5,082百万円を認識しており、要約中間連結損益計算書の「その他の費用」に含めております。公正価値は売却価額を基礎としており、当該公正価値のヒエラルキーはレベル３です。なお、公正価値のヒエラルキーについては、注記「10．金融商品の公正価値」に記載しております。

14．後発事象

（米国IntraBio社の買収契約締結について）

当社は、2026年10月５日に開催された取締役会において、当社の米国グループ会社Shionogi Inc.がIntraBio Inc.（以下、IntraBio社）と買収契約を締結することを決議し、同日付で契約を締結しました。本取引により、Shionogi Inc.はIntraBio社の発行済株式の全てを取得し、同社を完全子会社とする予定です。

IntraBio社は、希少な神経変性疾患および遺伝性神経疾患を対象とした医薬品の研究・開発・販売に特化したバイオ医薬品企業です。本取引により、当社は、ニーマン・ピック病C型（NPC）および毛細血管拡張性運動失調症（A-T）の治療薬として承認されているAQNEURSA（一般名：レバセチルロイシン）およびその関連化合物について、知的財産権、販売権等を含むグローバルにおける全ての権利を取得する予定です。

１.IntraBio社の概要

（注）上記財務数値は米国会計基準（US GAAP）に基づいて作成されています。

２.2027年３月期の当社連結業績への影響については、現在精査中です。

（多額な資金の借入）

当社は、2026年11月10日に資金の借入を実施いたしました。その内容は以下のとおりであります。

（国内無担保普通社債の発行）

当社は、2026年10月29日開催の取締役会において、国内無担保普通社債の発行について以下のとおり包括決議を行いました。

２ 【その他】

中間配当

2026年10月29日開催の取締役会において、当期中間配当に関し、次のとおり決議いたしました。

(イ)中間配当による配当金の総額……………………34,406百万円

(ロ)１株当たりの金額…………………………………40円00銭

(ハ)支払請求の効力発生日及び支払開始日…………2026年12月１日

(注)１．2026年９月30日現在の株主名簿に記載又は記録された株主に対し、支払いを行います。

２．(イ)中間配当による配当金の総額には、シオノギ感染症研究振興財団に係る三井住友信託銀行株式会社の信託（再信託受託者：株式会社日本カストディ銀行（信託口））が保有する当社株式に対する配当金360百万円が含まれております。

重要な訴訟

・当社は、2025年10月、米国においてドルテグラビルナトリウム（販売名：TIVICAY）の後発品申請を行ったAurobindo Pharma Ltd.およびAurobindo Pharma USA Inc.に対し、ViiV Healthcare CompanyおよびViiV Healthcare UK (No.3) Limitedと共同で、当社がViiV Healthcare Companyと共有するドルテグラビルナトリウムの結晶の特許権に基づき、上記後発品申請に基づく FDA承認の有効日が結晶特許満了日より早くならないこと等を求める特許権侵害訴訟をデラウエア州地区連邦地方裁判所に提起いたしました。その後、2026年７月に和解に至りました。

・2026年４月１日、Shionogi Inc.は、米国におけるRADICAVA経口懸濁剤の新薬承認申請（NDA）および関連特許を含む、RADICAVA経口懸濁剤に関連する資産の所有権および管理権限を取得しました。

2023年７月より、田辺ファーマ株式会社（旧田辺三菱製薬株式会社）は、米国におけるエダラボン（商品名：RADICAVA ORS^®）のジェネリック医薬品申請に関連して、Cipla USA, Inc.、Apotex Corp.、Lupin Limited、Sandoz Inc.、Zydus Pharmaceuticals (USA) Inc.およびそれらの関連子会社・関連会社に対し、デラウェア州および／またはニュージャージー州の連邦地方裁判所に特許侵害訴訟を提起しました。本訴訟は、RADICAVA ORS^®に関する特許権に基づくものであり、ジェネリック医薬品申請に対するFDA承認の有効日が、主張されている特許の有効期限よりも前にならないことを確保することを目的としています。

また、田辺ファーマ株式会社は、2025年４月より、Shanghai Auzone Biological Technology Co., Ltd.、Azurity Pharmaceuticalsおよびそれらの関連子会社・関連会社に対し、米国デラウェア州および／またはニュージャージー州の連邦地方裁判所において、特定のエダラボン含有製剤の米国における販売承認を求める「505(b)(2)」申請に関連して、特許侵害訴訟を提起しました。これらの訴訟は、ラジカバ経口液剤を対象とする特許権に基づくものであり、505(b)(2)申請に対するFDA承認の有効日が、主張されている特許の有効期限よりも前にならないことを確保することを目的としています。

2026年６月、デラウェア州でジェネリック医薬品申請者および505(b)(2)申請者に対して係属中のすべての訴訟は、ニュージャージー州連邦地方裁判所に移送されました。裁判期日はまだ設定されていません。

・当社は、2026年９月、米国においてドルテグラビルナトリウム、アバカビル硫酸塩及びラミブジンの配合剤（販売名：TRIUMEQ）の後発品申請を行ったAurobindo Pharma Ltd.およびAurobindo Pharma USA Inc.に対し、ViiV Healthcare CompanyおよびViiV Healthcare UK (No.3) Limitedと共同で、当社がViiV Healthcare Companyと共有するドルテグラビルナトリウムの結晶の特許権に基づき、上記後発品申請に基づくFDA承認の有効日が結晶特許満了日より早くならないこと等を求める特許権侵害訴訟をデラウエア州地区連邦地方裁判所に提起いたしました。

第二部 【提出会社の保証会社等の情報】

該当事項はありません。