| 2023年09月25日 | 沖縄国立大学法人健康医療拠点施設整備補助金 | 873,718,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年08月28日 | 移植対策(造血幹細胞)事業費補助金(造血幹細胞移植医療体制整備事業) | 35,054,000円 | – | 厚生労働省 | – |
| 2023年08月01日 | 質の高い臨床教育・研究の確保事業 | 30,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年07月26日 | (西普天間)体育館 | 0円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年07月04日 | ポストコロナ時代の医療人材養成拠点形成事業 | 56,250,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年06月30日 | 障害者総合支援事業費補助金(補装具装用訓練等支援事業) | 2,491,000円 | – | 厚生労働省 | – |
| 2023年04月20日 | (千原)長寿命化促進事業 | 0円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年04月20日 | (西普天間)健康医療プラザ | 0円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年04月11日 | 琉球大学医学部防音事業 | 3,685,000円 | – | 防衛省 | – |
| 2023年03月20日 | 令和4年度感染症流行下における学校教育活動体制整備事業 | 2,894,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年03月17日 | 医学部等教育・働き方改革支援事業 | 24,882,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年03月08日 | 琉球大学病院防音事業 | 112,750,000円 | – | 防衛省 | – |
| 2023年02月17日 | (与那)災害復旧事業 | 0円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年02月17日 | (西普天間)附属病院等移転整備 | 0円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年02月17日 | (千原)総合研究棟改修Ⅲ(工学系) | 0円 | – | 文部科学省 | – |
| 2023年02月03日 | 令和4年度学校等における感染症対策等支援事業 | 490,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年11月14日 | 令和4年度医療施設等運営費補助金(看護師の特定行為に係る指導者育成等事業) | 807,000円 | – | 厚生労働省 | – |
| 2022年10月13日 | 移植対策(造血幹細胞)事業費補助金(造血幹細胞移植医療体制整備事業) | 35,056,000円 | – | 厚生労働省 | – |
| 2022年09月01日 | ポストコロナ時代の医療人材養成拠点形成事業 | 78,620,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年08月10日 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和4事業年度授業料等減免費交付金 | 511,769,100円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年07月21日 | 大学の世界展開力強化事業(米国A) | 18,382,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年07月12日 | 障害者総合支援事業費補助金(補装具装用訓練等支援事業) | 4,967,000円 | – | 厚生労働省 | – |
| 2022年05月24日 | 大学・専門学校等の学生への新型コロナワクチン接種促進事業 | 39,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年03月30日 | 学校のICTを活用した授業環境高度化推進事業(琉球大学) | 705,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年03月30日 | ウィズコロナ時代の新たな医療に対応できる医療人材養成事業 | 9,950,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年03月04日 | 令和3年度医療施設運営費等補助金(看護師の特定行為に係る指定研修機関運営事業) | 902,000円 | – | 厚生労働省 | – |
| 2022年02月21日 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和3事業年度授業料等減免費交付金 | 8,728,600円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年02月21日 | 学校保健特別対策事業費補助金(学校等における感染症対策等支援) | 3,150,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年02月02日 | 令和3年度医療施設運営費等補助金(看護師の特定行為に係る指導者育成等事業) | 1,011,000円 | – | 厚生労働省 | – |
| 2022年01月27日 | ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ(先端型) | -7,848,600円 | – | 文部科学省 | – |
| 2022年01月26日 | デジタルキャンパスネットワークシステム | 304,878,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年11月19日 | 補装具装用訓練等支援事業 | 3,206,000円 | – | 厚生労働省 | – |
| 2021年11月11日 | 学校保健特別対策事業費補助金(感染症対策等の学校教育活動継続支援事業) | 485,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年09月06日 | 移植対策(造血幹細胞)事業費補助金 | 34,219,000円 | – | 厚生労働省 | – |
| 2021年08月12日 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和3事業年度授業料等減免費交付金 | 518,347,500円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年08月06日 | 大学の世界展開力強化事業(米国A) | 20,424,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年07月14日 | 琉球大学医学部研究棟防音事業(実施設計) | 2,464,000円 | – | 防衛省 | – |
| 2021年05月18日 | GIGAスクールサポーター配置促進事業(琉球大学) | 284,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年04月23日 | (西普天間)管理棟(医学系) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年04月23日 | (千原)長寿命化促進事業 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年04月23日 | (西普天間)医学部・附属病院移転整備実施設計等 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年04月01日 | ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ(先端型) | 11,431,440円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年03月05日 | (西普天間)附属病院等移転整備 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年03月05日 | (西普天間)医学部・附属病院移転用地Ⅲ | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年03月03日 | ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ(先端型) | -9,217,640円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月26日 | 学校保健特別対策事業費補助金(感染症対策等の学校教育活動継続支援事業) | 2,800,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月25日 | (千原)総合研究棟改修(工学系) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月25日 | (千原他)災害復旧事業 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月18日 | 令和2年度先端研究設備整備補助事業(研究施設・設備・機器のリモート化・スマート化) | 111,800,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月18日 | 沖縄バイオインフォメーションバンク試料解析システム | 186,201,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年02月17日 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和2事業年度授業料等減免費交付金 | 16,073,900円 | – | 文部科学省 | – |
| 2021年01月14日 | 移植対策(造血幹細胞)事業費補助金 | 28,439,000円 | – | 厚生労働省 | – |
| 2020年12月16日 | 学校保健特別対策事業費補助金(学校再開に伴う感染症対策・学習保障等に係る支援事業) | 3,500,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年12月03日 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和2事業年度授業料等減免費交付金 | 64,108,400円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年09月30日 | GIGAスクール構想の加速による学びの保障(琉球大学) | 31,175,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年09月03日 | 学校保健特別対策事業費補助金(学校再開に伴う感染症・学習保障等に係る支援事業) | 3,500,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年08月13日 | 大学の世界展開力強化事業(米国A) | 19,580,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年07月17日 | 大学等における遠隔授業の環境構築の加速による学修機会の確保(琉球大学) | 18,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年07月07日 | 学校保健特別対策事業費補助金(感染症対策のためのマスク等購入支援事業) | 370,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年07月06日 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和2事業年度授業料等減免費交付金 | 438,914,200円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年06月05日 | (千原)基幹・環境整備(衛生対策) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年05月22日 | 国立大学病院における新型感染症対策高度医療人材養成事業(琉球大学) | 39,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月16日 | (千原)ライフライン再生(給排水設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月16日 | (千原他)ライフライン再生Ⅲ(電気設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月16日 | (千原)総合研究棟改修Ⅲ(農学系) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月16日 | (医病)病棟・診療棟 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月08日 | (西普天間)医学部・附属病院移転整備実施設計等 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月08日 | (西普天間)医学部・附属病院移転用地Ⅱ | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月08日 | (西普天間)附属病院移転整備 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年04月01日 | ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ(先端型) | 12,367,640円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年03月26日 | 琉球大学医学部・附属病院防音事業(実施設計) | 2,531,100円 | – | 防衛省 | – |
| 2020年03月12日 | 学習者用コンピュータ等整備 | 14,850,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年03月12日 | 校内通信ネットワーク整備 | 13,200,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年02月21日 | 沖縄バイオインフォメーションバンク試料解析保管システム | 197,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2020年02月20日 | (西表)熱帯生物圏研究センター改修 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年02月20日 | (千原他)災害復旧事業 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年02月20日 | (千原)ライフライン再生(空調設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2020年02月12日 | (千原)ライフライン再生Ⅱ(電気設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年09月27日 | ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ(先端型) | 5,168,840円 | – | 文部科学省 | – |
| 2019年08月16日 | 地(知)の拠点大学による地方創生推進事業 | 24,948,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2019年06月19日 | 大学の世界展開力強化事業(米国A) | 22,500,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月22日 | (西普天間)医学部及び同附属病院移転用地 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月22日 | (千原)ライフライン再生Ⅱ(電気設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月22日 | (千原)総合研究棟改修(農学系) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年04月22日 | (西普天間)医学部及び同附属病院移転整備実施設計等 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年02月22日 | (千原他)災害復旧事業 | – | – | 文部科学省 | – |
| 2019年02月01日 | (千原)基幹・環境整備(ブロック塀対策) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2018年10月16日 | 大学の世界展開力強化事業 | 25,000,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2018年08月08日 | 地(知)の拠点大学による地方創生推進事業 | 40,196,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2018年08月08日 | 課題解決型高度医療人材養成プログラム | 15,624,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2018年04月27日 | 琉球大学・機能強化促進費 | 85,026,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2018年04月12日 | (西普天間)基幹・環境整備(地盤調査等) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2018年04月12日 | (千原)ライフライン再生(給水設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2017年07月13日 | 課題解決型高度医療人材養成プログラム | 25,719,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2017年07月12日 | 地(知)の拠点大学による地方創生推進事業 | 63,096,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2017年05月09日 | 琉球大学・機能強化促進費 | 42,847,000円 | – | 文部科学省 | – |
| 2017年04月12日 | (千原)ライフライン再生(電気設備) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2017年04月12日 | (千原)基幹・環境整備(橋梁耐震化) | – | – | 文部科学省 | – |
| 2017年04月01日 | ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ(特色型) | 29,860,000円 | – | 文部科学省 | – |