| 2023年12月12日 | 令和5年度国立研究開発法人水産研究・教育機構船舶建造費補助金 | 9,708,745,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2023年11月15日 | 動物用医薬品対策事業/新技術を活用した動物用医薬品等基準等作成推進事業費 | 8,000,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2023年04月21日 | 令和5年度水産関係民間団体事業/経営体育成総合支援事業/水産高校卒業生を対象とした海技士養成事業/海技士養成のための乗船実習事業 | 69,753,000円 | – | 水産庁 | – |
| 2023年04月07日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | 8,202,575,000円 | – | 水産庁 | – |
| 2023年04月07日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | 99,855,000円 | – | 水産庁 | – |
| 2023年04月07日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構海洋水産資源開発勘定運営費交付金 | 1,150,140,000円 | – | 水産庁 | – |
| 2023年04月07日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構施設整備費補助金 | 198,729,000円 | – | 水産庁 | – |
| 2023年04月06日 | 令和5年度水産関係民間団体事業/漁業取締体制整備推進事業 | 9,277,000円 | – | 水産庁 | – |
| 2023年04月03日 | 令和5年度水産関係民間団体事業/水産資源調査・評価推進事業/資源量推定等高精度化推進事業、国際水産資源動態等調査解析事業 | 346,495,000円 | – | 水産庁 | – |
| 2023年04月03日 | 令和5年度水産関係民間団体事業/大型クラゲ国際共同調査事業 | 33,244,000円 | – | 水産庁 | – |
| 2023年04月03日 | 令和5年度水産関係民間団体事業/新たな資源管理システム構築促進事業/IQ導入に向けた取組支援事業 | 12,004,000円 | – | 水産庁 | – |
| 2022年11月30日 | 動物用医薬品対策事業/新技術を活用した動物用医薬品等基準等作成推進事業 | 3,000,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月13日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | 8,243,137,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月12日 | 東日本大震災復興特別会計国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | 99,855,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月11日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構施設整備費補助金 | 247,863,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月11日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構海洋水産資源開発勘定運営費交付金 | 1,302,778,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月01日 | 令和4年度水産関係民間団体事業/沖合・遠洋漁業における自主的資源管理体制高度化事業 | 12,050,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月01日 | 令和4年度水産関係民間団体事業/漁場環境改善推進事業/赤潮及び貧酸素水塊の広域自動モニタリング技術の開発 | 11,626,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月01日 | 令和4年度水産関係民間団体事業/漁場環境改善推進事業/栄養塩からみた漁場生産力回復手法の開発 | 10,000,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月01日 | 令和4年度水産関係民間団体事業/漁業取締体制整備推進事業 | 9,577,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月01日 | 令和4年度水産関係民間団体事業/有害生物漁業被害防止総合対策事業/大型クラゲ国際共同調査事業 | 33,244,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月01日 | 令和4年度水産関係民間団体事業/IQ導入に向けた取組支援事業 | 12,004,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月01日 | 令和4年度水産関係民間団体事業/水産資源調査・評価推進事業/資源量推定等高精度化推進事業、国際水産資源動態等調査解析事業 | 346,495,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2022年04月01日 | 令和4年度水産関係民間団体事業/経営体育成総合支援事業/水産高校卒業生を対象とした海技士養成事業/海技士養成のための乗船実習事業 | 39,080,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2020年04月27日 | 令和2年度度水産関係民間団体事業/漁業取締体制整備推進事業 | 47,033,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2020年04月10日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構施設整備費補助金 | 343,069,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2020年04月06日 | 東日本大震災復興特別会計国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | 99,855,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2020年04月06日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | 8,154,681,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2020年04月06日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構海洋水産資源開発勘定運営費交付金 | 1,310,848,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2020年04月01日 | 令和2年度水産関係民間団体事業/漁業人材育成総合支援事業 | 19,797,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2019年04月25日 | 平成31年度水産関係民間団体事業 | 50,318,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2019年04月25日 | 平成31年度水産関係民間団体事業 | 28,602,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2019年04月18日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構施設整備費補助金 | 434,813,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2019年04月05日 | 東日本大震災復興特別会計国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | 99,855,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2019年04月05日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | 8,179,745,000円 | – | 農林水産省 | – |
| 2019年04月05日 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構海洋水産資源開発勘定運営費交付金 | 1,255,197,000円 | – | 農林水産省 | – |